荧光显微成像系统使用的光源能够发出强烈的紫外线，经过激发滤色镜，过滤掉一部分光源当中的可见光。接着通过聚光镜将紫外光聚焦于样品，诱发样品上的荧光物质发射荧光。最后经过物镜后的阻断滤色镜，阻止所有的紫外线通过，只允许通过诱发的荧光通过。
荧光显微成像系统的优点：
1.无需暗室，节省空间：在明亮的房间里也能实现鲜明的荧光观察。可以安装在实验室的任意位置。
2.清晰图像，高清画质：彩色/黑白切换式高灵敏度冷却相机、高性能物镜、能够在荧光下使用的高精度自动对焦，利用这些先进的硬件和光学技术呈现高清画质。
3.高拓展性，适应性强：超越一般荧光显微镜的范畴，可满足共聚焦显微镜、切片扫描仪、活细胞工作站、高内涵等需求。
荧光显微成像系统的结构及功能：
1.光源：超高压汞灯，可以产生强光照，含有大量的紫外光和蓝紫光。
2.滤片系统。荧光显微镜也有卤素灯提供自然光源，具有和普通光学显微镜相同的功能。
3.激发滤色镜：过滤光源中一部分可见，提供一定波长的激发光。
4.阻断滤色镜：透过相应波长范围的荧光，阻断或者吸收剩余的激发光。
5.二向分色镜：透过长波光线和反射短波光线的功能
6.孔径光阑：孔径光阑是决定显微镜像的分辨力和反差的重要光学部件之一
7.视场光阑：视场光阑的作用是控制标本照明区域的大小，阻止对于像的形成所不需要的光线进入标本。
8.激发光转换器：又称镜臂旋转台，旋转台为一个圆盘形的结构，上面有5个定位标志：U、V、B、G分别代表不同的荧光激发方法以及不同的滤色镜组合。
